Διάφορα άλλα φάρμακα μπορούν να χρησιμοποιηθούν ως προφυλακτική θεραπεία της ημικρανίας, για να μειωθεί η συχνότητα των κρίσεων, αλλά και σε ορισμένες περιπτώσεις για να γίνουν οι κρίσεις ημικρανίας λιγότερο έντονες και πιο εύκολο να αντιμετωπιστούν.

Ωστόσο, τα φάρμακα αυτά δεν έχουν την τεκμηριωμένη αποτελεσματικότητα που έχουν τα φάρμακα που αναφέρθηκαν στις προηγούμενες ενότητες και, ως εκ τούτου, θα πρέπει να χρησιμοποιούνται ως εναλλακτικές επιλογές, όταν τα φάρμακα πρώτης γραμμής αποτύχουν.

Ανάμεσα στα φάρμακα δεύτερης γραμμής χρησιμοποιείται το μαγνήσιο, για το οποίο υπάρχουν αντικρουόμενες απόψεις για την αποτελεσματικότητά του, αλλά έχει λίγες παρενέργειες στις συνιστώμενες δόσεις και μπορεί να αξίζει να δοκιμαστεί.

Οι βιταμίνες του συμπλέγματος Β έχουν επίσης χρησιμοποιηθεί για την προφύλαξη της ημικρανίας, αν και με μάλλον περιορισμένα αποτελέσματα, σε δόση μάλιστα αρκετά υψηλή σε σχέση με αυτή που συνήθως λαμβάνεται για άλλες αιτίες.

Μερικές φορές, ορισμένα από τα μη στεροειδή αντι-φλεγμονώδη φάρμακα, όπως η ασπιρίνη ή η ναπροξένη χρησιμοποιούνται καθημερινά για την προφύλαξη της ημικρανίας. Αυτό μπορεί να ωφελήσει ορισμένους ανθρώπους, αλλά δεν είναι κάτι που μπορεί να γίνεται ευρέως, καθώς αυτά τα φάρμακα μπορούν να έχουν σημαντικές παρενέργειες, όπως δημιουργία έλκους στο στομάχι ή και αιμορραγία. Δεύτερον, εάν οι δόσεις δεν είναι πολύ χαμηλές ή αν η θεραπεία δεν γίνει για σχετικά μικρό χρονικό διάστημα, υπάρχει ο κίνδυνος ότι ορισμένοι πάσχοντες από ημικρανία μπορεί να οδηγηθούν σε υπερβολική φαρμακευτική αγωγή, δηλαδή σε κατάχρηση φαρμάκων, με αποτέλεσμα την επιδείνωση της ημικρανίας. Έτσι, μακροπρόθεσμή χορήγηση τέτοιων φαρμάκων για την προφύλαξη της ημικρανίας, καλό είναι να γίνεται μόνο κάτω από την καθοδήγηση εξειδικευμένου στη θεραπεία ιατρού ή στα πλαίσια παρακολούθησης σε Ιατρείο Κεφαλαλγίας

Σε κάθε περίπτωση, το μαγνήσιο, οι βιταμίνες του συμπλέγματος Β και ειδικά τα μη στεροειδή αντι-φλεγμονώδη φάρμακα, όπως η ασπιρίνη ή η ναπροξένη, θα πρέπει να λαμβάνονται μόνο μετά από σύσταση γιατρού.