Τα συμπτώματα της ημικρανικής αύρας προέρχονται από τον εγκέφαλο.

Είναι ευρέως αποδεκτό ότι τα συμπτώματα της αύρας εμφανίζονται λόγω ενός φαινομένου για το οποίο στα ελληνικά χρησιμοποιούμε τον όρο "φλοιώδης μετακινούμενη καταστολή" (στα αγγλικά: "Cortical Spreading Depression").

Πρόκειται στην ουσία για ένα κινούμενο κύμα διέγερσης των νευρικών κυττάρων, που αρχίζει συνήθως στις οπτικές περιοχές του εγκεφάλου και μετακινείται αργά κατά μήκος της επιφάνειας του εγκεφάλου. Το κύμα αυτό ακολουθείται από ένα μεγαλύτερης διάρκειας κύμα καταστολή της δραστηριότητας των νευρικών κυττάρων. Το φαινόμενο αυτό μπορεί να ερμηνεύσει διάφορους τύπους αύρας, όπως για παράδειγμα τις φωτεινές οπτικές γραμμές που μερικοί πάσχοντες από ημικρανίας βιώνουν κατά τη διάρκεια της αύρας τους (προκαλούνται από το κύμα διέγερσης), αλλά και την παρακείμενη προσωρινή μερική απώλεια όρασης (κύμα καταστολής). 

Στο video που ακολουθεί (πηγή: YouTube), ο αμερικανός καθηγητής S.Silberstein εξηγεί με αρκετά απλό τρόπο το πολύ δύσκολο θέμα του τι ακριβώς συμβαίνει στον εγκέφαλο κατά τη διάρκεια της αύρας της ημικρανίας.