Κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης, τα οιστρογόνα στο αίμα των γυναικών προοδευτικά αυξάνουν και φτάνουν σε πολύ υψηλά επίπεδα. Ευτυχώς όμως, δεν έχουν διακυμάνσεις και ξαφνικές πτώσεις που συμβαίνουν κατά τη διάρκεια του κανονικού εμμηνορροϊκού κύκλου. Έτσι, η ημικρανία τείνει να βελτιώνεται στις περισσότερες γυναίκες κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης, τόσο σε συχνότητα όσο και σε ένταση. Σε αρκετές γυναίκες, η ημικρανία μπορεί να εξαφανιστεί πλήρως κατά την κύηση ή να είναι τόσο ήπια που να μην αποτελεί πρόβλημα. Μια μειονότητα όμως, όχι περισσότερες από το 10% των ημικρανικών εγκύων, θα έχει επιδείνωση των ημικρανιών τους, ιδιαίτερα κατά τη διάρκεια του πρώτου τριμήνου της εγκυμοσύνης. Αυτό συχνά ακολουθείται από βελτίωση, στο υπόλοιπο της κύησης.

Στις γυναίκες που έχουν ύφεση κατά τη διάρκεια της κύησης, οι ημικρανίες επανέρχονται κατά τη λοχεία, μερικές φορές και αμέσως μετά από τη γέννηση του μωρού. Αυτό αναμένεται, καθώς τα υψηλά επίπεδα οιστρογόνων πέφτουν γρήγορα μετά τη γέννα.

Εάν οι κρίσεις ημικρανίας είναι έντονες κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης, υπάρχει σημαντικό πρόβλημα, καθώς πολλά από τα συνήθως χρησιμοποιημένα φάρμακα στην ημικρανία δεν μπορούν να ληφθούν κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης, δεδομένου ότι δεν έχουν αποδειχθεί ασφαλή για το έμβρυο. Κάθε γυναίκα που αντιμετωπίζει αυτό το πρόβλημα θα πρέπει να το συζητήσει με το γυναικολόγο της και να ζητήσει τη γνώμη ειδικού νευρολόγου.