Στις περισσότερες γυναίκες η ημικρανία βελτιώνεται, συχνά εντυπωσιακά, μετά την εμμηνόπαυση.

Αυτό ισχύει ιδιαίτερα για τις γυναίκες που είχαν προηγουμένως καταμήνια ημικρανία και εξηγείται με βάση την επίδραση των οιστρογόνων στην ημικρανία (δείτε περισσότερα στην ενότητα "Ημικρανία και εμμηνοροϊκός κύκλος". Στην εμμηνόπαυση, οι μηνιαίες ορμονικές διακυμάνσεις σταματούν, και επομένως δεν μπορούν πλέον να πυροδοτήσουν κρίσεις ημικρανίας.

Ωστόσο, στην περιεμμηνοπαυσιακή περίοδο,  οι διακυμάνσεις των ορμονών μπορεί να είναι μεγάλες και για αυτό βλέπουμε σε μερικές γυναίκες έξαρση των ημικρανιών τους. Σε τέτοιες περιπτώσεις, μπορεί να απαιτηθεί η χρήση ειδικών στρατηγικών για την αντιμετώπιση της έξαρσης της ημικρανίας, οι οποίες μπορεί να και περιλάβουν τη χρήση ορμονικών μεταχειρίσεων αντικατάστασης για ορισμένο χρονικό διάστημα.

Τέλος, μια μειονότητα των γυναικών με ημικρανία δεν βλέπει βελτίωση μετά την εμμηνόπαυση. Αν κάτι τέτοιο συμβεί, συνήθως με την σύσταση κατάλληλης αγωγής, η ημικρανία μπορεί να περιέλθει σε ύφεση.